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Le 1er juin 2004, le ministre de l’agriculture avait autorisé deux expérimentations de dissémination volontaire dans l’environnement de maïs génétiquement modifié, à la demande de la société Monsanto.
Cette décision avait été contestée, en novembre 2004, par la Fédération des syndicats agricoles MODEF qui avait saisi le Conseil d’Etat de demandes tendant à l’annulation des deux décisions, au motif, notamment que les avis de la commission de génie bio-moléculaire étaient insuffisamment motivés et que les décisions attaquées méconnaissaient le principe de précaution.
Début avril 2005, la société Monsanto s’était défendue en estimant que la fédération n’était pas fondée à agir en justice sur ce sujet et que, de toutes façons, les dossiers avaient respectés les délais et formes fixés par la loi. Elle demandait en conséquence que la requête du MODEF soit rejetée qu’une somme de 5 000 euros soit mise à sa charge.
Peu après, le 18 avril 2004, le ministère de l’agriculture avait développé les mêmes arguments et demandé, lui aussi, le rejet de la requête du syndicat.
A l’automne 2005, le MODEF avait réitéré sa requête, insistant sur l’insuffisance de la détermination des lieux de dissémination. Le ministre avait, à nouveau, défendu le rejet de la requête, précisant qu’il avait fait procéder à « une étude sur place destinée à vérifier la compatibilité des essais envisagés avec le contexte local. »
Le 28/04/06, le Conseil d’Etat a rendu publique sa décision. Sans se prononcer sur le fond de l’opportunité des expérimentations d’OGM ou sur l’application du principe de précaution, il a jugé que la commission du génie bio-moléculaire devait se prononcer « sur l’ensemble des éléments déterminants de l’évaluation des risques, ce qui implique nécessairement la connaissance de l’implantation géographique précise de chacun des sites. »
Or le dossier technique soumis à cette commission ne comportait pas d’autre indication, en ce qui concerne la localisation des sites de dissémination, que la liste des "régions envisagées pour la conduite des essais", c’est-à-dire "Pays de la Loire, Poitou-Charentes, Centre, Rhône-Alpes, Midi-Pyrénées, Aquitaine". La Haute Assemblée a jugé ces indications insuffisantes.
En conséquence de quoi, et notant que l’enquête de terrain avait été effectuée après que la commission ait rendu son avis, elle a annulé les autorisations contestées et condamné l’Etat à verser au MODEF la somme de 3.000 euros.