En mars 2005, dans Libération, Philippe Séguin avait insisté sur la nécessité de l’indépendance, entre autre financière, de l’institution qu’il préside.

« Nos moyens financiers sont actuellement rattachés à ceux dont nous devons certifier les comptes et contrôler la performance », avait expliqué Philippe Séguin.

Il avait demandé, pour sortir de ce paradoxe et augmenter l’indépendance de la Cour des comptes, à ce qu’elle soit rattachée à ce qu’on appelle en technique budgétaire le "titre un", c’est-à-dire la partie du budget qui regroupe les crédits d’institutions telles que la présidence de la République, le Conseil d’Etat, les deux assemblées, le Conseil constitutionnel ou le Conseil supérieur de la magistrature.

« La Cour ne cherche pas à s’exonérer de ses obligations de transparence et d’efficience. Elle cherche au contraire à contribuer à ce que cette transparence et cette efficience ne soient pas que vanité et acquièrent dans les budgets publics une réalité », avait-il alors souligné.

Selon une dépêche Reuters du 9/05/05, Philippe Séguin a été entendu. François Fillon, au nom du Premier ministre, vient en effet d’annoncer qu’une "mission budgétaire spécifique" intitulée "conseil et contrôle des pouvoirs publics" serait créée par la prochaine loi de finances, à laquelle seront rattachés la Cour des comptes, le Conseil d’Etat et le Conseil économique et social.

Les programmes correspondants seront « rattachés au Premier ministre » et bénéficieront de dispositions spécifiques permettant une gestion budgétaire plus souple.

"Que tous voient dans cette décision la volonté du président de la République et du gouvernement de faire de leur indépendance un élément fondamental du bon fonctionnement de la République", a souligné François Fillon.